СЕГМЕНТАЦИЯ ОБЪЕКТОВ НА БИОМЕДИЦИНСКИХ ИЗОБРАЖЕНИЯХ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БИБЛИОТЕКИ ШАБЛОНОВ

The purpose of this paper is to introduce a robust framework to facilitate simultaneous detection and segmentation of objects with arbitrary size and shape on different kinds of medical images using a library of arbitrary irregular smooth shapes.Рассматривается система компьютеризированной диагностики для обнаружения объектов с произвольными размерами и формой и сегментации их на медицинских изображениях различной мо-дальности с использованием библиотеки шаблонов нерегулярной гладкой формы

МЕТОДИКА ОБРАБОТКИ МНОГОМЕРНЫХ ДАННЫХ МИКРОСКОПИЧЕСКИХ ИЗОБРАЖЕНИЙ ЭНДОКРИННЫХ КАРЦИНОМ

Practical technique for processing of multi-dimensional data using the example of image texture data obtained from microscopic ovarian cancer images is described.Приводится описание практической методики обработки многомерных данных на примере данных текстуры изображений, получаемых с микроскопических изображений карцином яичников

ПРОГНОЗИРОВАНИЕ РЕЦИДИВА РАКА ЯИЧНИКОВ НА ОСНОВЕ КОМПЬЮТЕР-АССИСТИРОВАННОГО МОРФОМЕТРИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ

An experience in lymphangiogenesis morphometry applying their original software is described. For the implementation in clinical practice protocols, it is necessary to carry out a large-scale studies, where the objects of research are in the earliest stages of pathology.Разработана методика морфометрического исследования на основе обработки изображений с помощью оригинально сконструированного программного обеспечения. Для обоснования внедрения таких методов в клиническую практику необходимо выполнить широкомасштабные исследования, где объектами изучения будут опухоли на ранних стадиях развития

Актуальные вопросы создания и применения банков ДНК для целей криминалистики и смежных дисциплин

Review article presents essential information on DNA databases, forensic genomics for human identification and suspect characteristics. Author reports the essential information on the topic of forensic DNA databases and data processing. DNA databases are important tools for the improvement of performance of the security organizations and services with a final goal of national security enhancement.В статье-обзоре литературы приводятся основные сведения, касающиеся функционирования, разработки, развития и внедрения технических, лабораторных и кибернетических средств анализа и обработки геномных данных, предназначенных для улучшения результатов работы ряда криминалистических и судебно-медицинских служб, что имеет весомое значение для обеспечения безопасности граждан СНГ

Cовременные алгоритмы обработки данных транскриптомов: обзор методов и результаты апробации

Analysis of bioinformatics data is an actual problem in modern computational biology and applied mathematics. With the development of biotechnology, as well as tools for obtaining and processing information derived from biological objects and systems, unresolved issues of the development and application of new algorithms and software have emerged. The authors propose practical algorithms and methods for processing transcriptome data for effective results of annotation, visualization and interpretation of data. Анализ биоинформатических данных является актуальной проблемой современной вычислительной биологии и прикладной математики. С развитием биотехнологий, а также инструментальных средств получения и обработки информации о биологических объектах и системах, появились нерешенные вопросы разработки и применения новых алгоритмов и программного обеспечения. Авторы предлагают практические алгоритмы и методы обработки транскриптомных данных для эффективных результатов аннотирования, визуализации и интерпретации биоинформатических данных

НОВЫЕ МОРФОМЕТРИЧЕСКИЕ АЛГОРИТМЫ ОБРАБОТКИ ИЗОБРАЖЕНИЙ ЛИМФАНГИОГЕНЕЗА

Authors describe in technical details a set of algorithms, developed and implemented for the goals of lymphangiogenesis and angiogenesis image processing with application for the comprehensive quantitative description, correlative statistics and tumoral expansion prognosis.Приводится подробное техническое описание морфометрических алгоритмов для анализа патоморфологических изображений лимфангиогенеза и ангиогенеза

Cовременные алгоритмы обработки данных транскриптомов: обзор методов и результаты апробации

Analysis of bioinformatics data is an actual problem in modern computational biology and applied mathematics. With the development of biotechnology and tools for obtaining and processing such information, unresolved issues of the development and application of new algorithms and software have emerged.Authors propose practical algorithms and methods for processing transcriptomic data for efficient results of annotation, visualization and interpretation of bioinformatics data.Анализ биоинформатических данных является актуальной проблемой современной вычислительной биологии и прикладной математики. С развитием биотехнологий и инструментальных средств получения и обработки данной информации появились нерешенные вопросы разработки и применения новых алгоритмов и программного обеспечения.Авторы предлагают практические алгоритмы и методы обработки транскриптомных данных для эффективных результатов аннотирования, визуализации и интерпретации биоинформатических данных

Программное обеспечение и возможности современных языков программирования для изучения биоинформатики и вычислительной вакцинологии новой коронавирусной инфекции

The review paper focuses on the application of software for the purposes of genomics, immunoinformatics, computational vaccinology, mathematical epidemiology and phylogeny of the new coronavirus infection. Authors provide a classification of software for the investigation of COVID-19.Обзорная статья сосредоточена на вопросах применения программного обеспечения для целей геномики, иммуноинформатики, вычислительной вакцинологии, математической эпидемиологии и филогенеза новой коронавирусной инфекции. Приводится разработанная авторами классификация программного обеспечения для изучения COVID-19

Вычислительный анализ структурного cостава геномов коронавирусов

Ecological disasters, wars in regions with microbiological weapons depots, deforestation, domestication of wild animals, consumption of infected animals, contamination of water and food products and their components, experiments with viruses, deficiencies and other defects of the immune system in modern humans and other mammals became the impetus for the evolution of new dangerous and extremely dangerous viruses. Due to the emergence of new dangerous viruses, the importance and demand for knowledge and skills of computational biology, epidemiology and virology in modern society have increased. Modern sequencers are capable of producing large amounts of bioinformatic data that is represented in the form of genomic texts. Comparative сomputational analysis of this information is necessary to clarify the issues of phylogenesis, mutational profiling, molecular evolution, identification of insertions of other genomes, annotation of genome regions, search for targets for vaccine development and pharmacotherapy. In this сontext, authors conducted a computational experiment of comparative analysis of the genomic texts of Belarusian coronavirus samples against a number of selected complete genomes of dangerous and extremely dangerous viruses and coronaviruses of various origins. Data analysis was performed using the YASS, genomic texts were downloaded from the GISAID, the custom genomic data processing pipeline based on the Galaxy bioinformatics platform was also applied. The article presents the results of an analysis of the available scientific literature and the computational experiment comparing the genomic texts of Belarusian coronavirus samples with a number of selected complete genomes of dangerous and especially dangerous viruses and coronaviruses of various origin. A significant similarity of the new coronavirus with the recombinant coronavirus, as well as partial similarity with synthetic coronavirus, Rubella, Ebola 1976, HIV-2 (human immunodeficiency virus), Middle East respiratory syndrome, simian immunodeficiency and Marburg fever viruses have been found. Экологические катастрофы, уменьшение площади лесных насаждений, одомашнивание диких животных, употребление в пищу зараженных животных, загрязнение воды и продуктов питания и их компонентов, эксперименты с вирусами, дефициты и дефекты иммунной системы у современного человека и других млекопитающих стали толчком к развитию новых опасных и особо опасных вирусов. Пандемия коронавируса, отнесенного к категории опасных вирусов, привела к повышению востребованности знаний и навыков вычислительной биологии, эпидемиологии и вирусологии в современном обществе. Существующие секвенаторы способны производить большие объемы биоинформационных данных, которые отображаются в виде геномных текстов. Сравнительный вычислительный анализ такой информации необходим для выяснения вопросов филогенеза, мутационного профилирования, молекулярной эволюции, определения вставок других геномов, аннотирования регионов геномов, поиска мишеней для разработки вакцин и фармакотерапии. В связи с этим авторами статьи проведен вычислительный эксперимент сравнительного анализа геномных текстов белорусских образцов коронавируса с рядом отобранных полных геномов опасных и особо опасных вирусов и коронавирусов различного происхождения. Анализ данных выполнен компьютерной программой YASS, геномные тексты загружали из GISAID, также был использован самостоятельно разработанный конвейер обработки геномных данных на основе биоинформационной платформы Galaxy. В результате анализа данных обнаружено значительное сходство нового коронавируса с рекомбинантным коронавирусом, частичное сходство с вирусами синтетического коронавируса, краснухи, Эбола 1976, ближневосточного респираторного синдрома, ВИЧ-2 (вируса иммунодефицита человека), вируса иммунодефицита обезъян и лихорадки Марбурга.

ПРОГРАММНО-ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ КОМПЛЕКС «ОКУНЬ-2» ДЛЯ ОЦЕНКИ МУТАЦИОННОГО ПРОФИЛЯ ГЕНОВ РЕЗИСТЕНТНОСТИ И ВИРУЛЕНТНОСТИ СЕКВЕНИРОВАННЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИИ ТУБЕРКУЛЕЗА

Authors describe a new software and computer complex designed and developed for the processing of the data of the whole genomes of mycobacterium tuberculosis with the purpose of obtaining information about the profile of tuberculosis resistance and virulence.Приводится описание нового программно-вычислительного комплекса, предназначенного для обработки данных полных геномов микобактерии туберкулеза человека с целью получения информации о профиле резистентности и вирулентности туберкулеза